FlowCam ® Cyano использует красный лазер (633 Нм) для возбуждения фикоцианина, пигмента, присутствующего в цианобактериях, и хлорофилла, пигмента, присутствующего в зеленых водорослях. Излучение возбуждения уникально для каждого пигмента, и их соотношение относительной флуоресценции может быть использовано для дифференциации зеленых водорослей и цианобактерий.
(Слева): Относительная длина волны интенсивности флуоресценции для фотосинтетических пигментов: фикоэритрин, фикоцианин и хлорофилл. Синие и зеленые прямоугольники показывают диапазон флуоресценции фикоцианина (650 ± 10 нм) и хлорофилла (700 ± 10 нм), соответственно, обнаруженных FlowCam Cyano.